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Les grandes pandémies sont apparues avec l’émergence de l’agriculture, il y a environ 10 000 ans. La biologie moléculaire et les travaux de l’Américain Jared Diamond ont montré qu’elles ont toutes une origine animale et qu’elles ont été transférées à l’homme aux premiers temps de la domestication et de l’élevage, en raison de la proximité entre fermiers et animaux. C’est vrai pour la grippe, la variole, la malaria, la tuberculose, le typhus, la diphtérie, la rougeole, la fièvre jaune, la peste et le choléra... La variole (comme la tuberculose) a été transmise à l’homme par les moutons, les chèvres et le bétail. Ces maladies étaient inconnues de l’humanité avant l’ère agricole du néolithique, soit pendant les sept millions d’années au cours desquelles nos ancêtres n’ont pratiqué que la cueillette, le charognage, puis la chasse et la pêche.
Tout change il y a dix à 12 000 ans au néolithique, avec la sédentarité et la généralisation de l’élevage. Hommes et animaux vivent souvent dans les mêmes lieux, une proximité qui va faire le lit des nouvelles épidémies et contribuer à la santé précaire qui caractérise cette époque.
Le virus de la grippe va s’accommoder parfaitement des bouleversements qui touchent la gestion des ressources alimentaires à partir du néolithique. Ses gènes en effet se présentent sous la forme d’un chapelet de 8 segments d’ARN (« mini-chromosomes ») assez mal arrimés les uns aux autres, ce qui fait qu’ils peuvent facilement se détacher et se recombiner avec les segments génétiques d’autres virus qui se trouvent à proximité. L’insertion de nouveaux segments provenant de virus différents, en particulier d’origine animale, s’appelle une cassure antigénique. Ce sont ces virus nés de cassures qui provoquent les pandémies.
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